利益沖突是消納難題的又一重要原因。

當前，我國依然以行政指令來制定發電指標，為協調各電廠之間的利益關系，及電廠所擔負的社會責任，地方政府為電廠制定發電量計劃，按機組平均分配發電時間。對于大多數清潔能源來說，發電量不能恒定，功率難以預測，導致在制定發電指標時難與傳統火電平等對待，甚至沒有發電指標。

由于，我國經濟進入新常態，全社會用電量增速下滑，電力企業發電設備利用小時數普遍下降，電力需求增速也隨之降低。在同一區域內，相對于有限的用電增量和輸送能力，如果要消納更多的清潔能源，就意味著必須減少火電發電量。在現有電價管理體制下，多發電就意味著多盈利。對于長期處于虧損的火電企業來說，當然不愿放棄難得的盈利機會壓縮自身發電量。

尤其是，北方地區冬季大量燃煤火電機組肩負供熱任務，實行熱電聯產，使得火電變成剛性需求，這讓清潔能源的空間再次被壓縮。

對于這些長期存在的利益沖突，文件給出的解決路徑：清潔能源消納困難的地區，可通過市場化的經濟補償機制激勵煤電機組調峰。補償所需費用由受益的清潔能源和煤電機組根據程度進行相應分攤。

但此前原東北電監局就曾出臺《蒙東地區風火替代交易暫行辦法》，讓風電企業與火電企業交易發電指標，被業內批評為開倒車。通過支付補償費用來激勵煤電機組調峰，無異于讓成本較高、靠國家補貼發展的清潔能源背上更加沉重的負擔。