由于技術落后、政策不規范等原因，太陽能產業在國內存在著嚴重的污染問題。其一，就生產過程來看，多晶硅生產過程會產生大量有毒物質。由于國內生產技術落后，沒有實現整個生產流程的閉環運行，多晶硅生產后產生的廢水、廢氣、廢渣等廢棄物得不到有效處理和利用，對大氣、水、土地等資源造成嚴重污染。其二，就使用過程來看，存在著發電鉛污染和光污染問題。其三，就使用后回收過程來看，存在廢棄物污染問題。光伏發電系統廢棄物對環境具有很強的破壞性。光伏發電系統使用的蓄電池大部分都是鉛酸蓄電池，該電池內含有大量的鉛、銻、鎘、硫酸等有毒物質會對土壤、地下水、草原等造成污染。青海省2011年組織的抽樣調查結果顯示，絕大多數家庭用戶基本沒有考慮過光伏廢棄物的污染及如何處理這些廢物的問題，約74%的用戶隨處亂扔，6%的用戶隨生活垃圾堆放，20%的用戶出售。就三江源地區而言，目前已經產生850多萬只光伏廢棄物件(僅40萬只被生產光伏蓄電池的企業主動回收)，且一直在增加，這又可能造成三江源地區繼草原生態惡化之后的又一大生態環境問題，需要引起高度重視。